Desde su creación la Facultad ha estado presidida por directivos comprometidos con la calidad educativa en la formación de profesionales en el área de la salud.

Nombre	Año de gestión
Dr. Armando Prado Montiel	1961-1963
Enf. Amanda Mejía Flores	1964-1966
Dr. Armando Prado Montiel	1967-1969
Dr. Alfonso Nava Sánchez	1970-1972
Enf. María de los Ángeles Flores Lira	1973-1976
Dr. Armando Prado Montiel	1976-1980
Dr. Luis Antonio Angulo Montejo	1980-1984
Dr. Jesús George Cruz	1984-1988
Dr. Atenógenes Meneses Cordova	1988-1991
Dr. Heriberto Quintero Rojas	1991-1995
MSP. María Elena Perla López Loyo	1995-2000
MSP. Constantino Vicente Quiroz Pérez	2001-2005
Lic. Mónica Guadalupe Rodríguez Cortes (Directora por ministerio de Ley)	2005-2006
Dr. Alfredo Adán Pimentel	2006-2007
MSP. Bernarda Sánchez Flores	2007-2009
MSP. María del Rosario Ruth López Loyo	2009-2010
Dr. Alfredo Adán Pimentel	2010-2011
MSP. Constantino Vicente Quiroz Pérez	2011-2015
MSP. Carlos Braulio Nava Cruz	2015-2018
Dr. Olaf Molina García (Director Encargado)	2018-2019
Dra. Senobia Rosalia Cruz Lumbreras	2019-2023
Dra. Aurora García García (Directora Encargada)	2023
MSP. José Francisco Mauricio García	2023-